El objetivo del diagnóstico en sanidad vegetal es detectar plagas en las diversas especies de plantas. La salud de las especies vegetales está directamente relacionada con la producción de alimentos así como el mantenimiento de los ecosistemas y el medio ambiente.
En el ámbito de higiene vegetal, el objetivo es la detección de patógenos en productos vegetales de producción primaria agrícola, de modo que se garantice la seguridad alimentaria. El trabajo del LNSV en este contexto se enmarca dentro del Programa de control oficial de higiene de la producción primaria agrícola y del uso de productos fitosanitarios del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación.
El LNSVH cuenta también con un ámbito de competencia transversal y que complementa a los dos anteriores, de caracterización molecular, cuyo objetivo es implementar herramientas analíticas de diagnóstico basadas en secuenciación genómica y espectrometría de masas.