De nuevo, RGEC limita su aplicación en este sector. De esta forma, se excluyen en el ámbito de aplicación del RGEC las ayudas concedidas en el sector de la producción agrícola primaria. No obstante hay también muchas excepciones, entre las cuales destacamos:
- las nueve primeras excepciones reseñadas en el sector pesquero coinciden con el sector agrícola.
- ayudas a la financiación de riesgo;
- ayudas para servicios de consultoría en favor de las pymes;
- ayudas para la protección del medio ambiente;
Las ayudas concedidas en el sector de la transformación y comercialización de productos agrícolas entran en el ámbito de aplicación de RGEC salvo si el importe de la ayuda se determine en función del precio o de la cantidad de dichos productos adquiridos a productores primarios o comercializados por las empresas interesadas o cuando la ayuda se supedite a su transmisión, total o parcial, a los productores primarios.