JACUMAR cuenta con grupos técnicos de trabajo específicos que integran a especialistas y expertos en las distintas materias:
- Comisión técnica
- Grupo de trabajos de Producción
- Grupo de trabajo de Moluscos
- Grupo de seguimiento de Planes Nacionales
Los trabajos mas destacados de JACUMAR son los siguientes:
- Elaboración, de común acuerdo con las Comunidades Autónomas, de Planes Nacionales del Cultivos Marinos propuestos por el Ministerio para su ejecución por parte de las CC.AA., y seguimiento de los mismos.
- Elaboración del Libro Blanco de la Acuicultura en España (2001) y el desarrollo de las Líneas Estratégicas derivadas.
- Elaboración del Plan Estratégico de Piscicultura Marina (2011).
- Recopilación de los datos de producción y valor a nivel nacional y por Comunidades Autónomas.
- Mantenimiento de un inventario de instalaciones de acuicultura a nivel nacional. También se actualiza anualmente otros inventarios de importancia para la acuicultura española: empresas, asociaciones, administraciones, empresas auxiliares y centros de investigación: Directorios de acuicultura.
- Mantenimiento del Visor de Instalaciones de acuicultura.
- Interlocución con otras administraciones nacionales para el impulso de la actividad.
- Interlocución ante las autoridades europeas e internacionales para la elaboración de normativa y la elaboración de informes sobre la acuicultura española: DG SANCO/FVO, FAO-CGPM-CAQ, NASCO, OCDE, etc.
- Seguimiento de la aplicación de la normativa comunitaria relativa a los aspectos sanitarios en las zonas de producción de moluscos.
- Edición y publicación de informes técnicos y guías.
- Convocatoria de los Premios Jacumar de Investigación en Acuicultura y de Implantación de Sistemas de Gestión Medioambiental por las empresas de acuicultura.
- Apoyo a la organización de Congresos Nacionales de Acuicultura.