El Santuario de Fauna y Flora de Malpelo se ubica a 490 kilómetros al oeste de la costa Buenaventura en el Pacífico colombiano. En él se distinguen claramente dos ecosistemas de tipo oceánico, uno marino y otro terrestre.
La isla de Malpelo es la cúspide de una única cordillera volcánica submarina, llamada Dorsal Malpelo. La cordillera marina que se extiende en sentido NE-SW tiene una longitud aproximada de 150 millas y un ancho de 50 millas. La extensión del Santuario abarca un polígono que tiene como centro la isla de Malpelo para un total de 974.474 hectáreas, de las cuales, tiene una extensión protegida de 3,5 km2 de área terrestre y de 6.500 a 8000 km2 en su área marina.
Declarada Patrimonio Natural de la Humanidad por la UNESCO en el año 2006. En el 2002 se reconoce como Zona Marina Especialmente Sensible ante la OMI.