La regulación de las especies de protección diferenciada viene regulada en el artículo 10 del Real Decreto 347/2011, de 11 de marzo.
Para la captura o tenencia a bordo de especies sometidas a medidas de protección diferenciada, enumeradas en el anexo II, se debe disponer de una autorización específica expedida por la Dirección General de Ordenación Pesquera y Acuicultura de la Secretaría General de Pesca del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación, a solicitud del titular de la embarcación. Dicha solicitud se cumplimentará de conformidad con el modelo que figura en el anexo III.
La autorización específica, que deberá estar a bordo de la embarcación cuando se vaya a realizar la actividad, tendrá un período de validez de tres años y su renovación deberá solicitarse con una antelación mínima de tres meses respecto a la finalización de su validez.
Además, el titular de la autorización deberá cumplimentar una declaración de capturas y suelta cuyo modelo figura en el anexo IV, y que remitirá a la Dirección General de Ordenación Pesquera y Acuicultura en los cinco primeros días de cada mes, incluso si no se hayan obtenido capturas.
Las especies de protección diferenciada sometidas a un plan de recuperación se regularán por la normativa específica conforme a los respectivos planes de recuperación que pudieran adoptarse y son las siguientes:
Especies sometidas a medidas de protección diferenciada en la pesca marítima de recreo:
| Denominación | Código FAO |
| Atún rojo (Thunnus thynnus) (1). | BFT |
| Atún blanco (Thunnus alalunga). | ALB |
| Patudo (Thunnus obesus). | BET |
| Pez espada (Xiphias gladius). | SWO |
| Agujas (Tetrapturus spp.) Marlín del Mediterráneo-Aguja blanca del Atlántico Aguja Picuda-Marlín peto. | MSP – HM SPF – RSP |
| Pez vela (Istiophorus albicans). | SAI |
| Merluza (Merluccius merluccius). | HKE |
| Besugo (Pagellus bogaraveo). | SBR |
| Lubina (Dicentrarchus labrax). | BSS |
| Bacalao (Gadus morhua). | COD |
| Abadejo (Pollachius pollachius). | POL |
| Lenguado (Solea solea). | SOL |
| Lampuga (Coryphaena hippurus). | DOL |
