Las directrices de actuación para aplicar las prioridades que financia el Fondo Europeo de la Pesca (FEP) se recogen en el Programa operativo. Hay un único programa FEP por Estado miembro, lo que permite concentrar las actuaciones y maximizar su eficacia. Además, junto con el Programa operativo, el Plan Estratégico Nacional ayuda a determinar las prioridades, los objetivos y los recursos públicos necesarios para su consecución. Este documento abarca todos los ámbitos de la PPC y, por ello, tiene un alcance más amplio que el de los programas del FEP.
Por tanto y cumpliendo con las directrices de dicho Reglamento, la Secretaría General de Pesca, ha realizado los denominados "Documentos de programación", por los cuales los Estados miembros deberán diseñar sus estrategias en relación al sector pesquero, teniendo en cuenta la Política Pesquera Común, así como la programación de las líneas financieras, el reparto de fondos, por las que va a implementar el Fondo Europeo de la Pesca.
El Plan Estratégico Nacional, consensuado con todos los interlocutores, basado en un análisis de la realidad socio-económica del sector pesquero español , incluye la estrategia a seguir en materia pesquera, en todos sus ámbitos, no solo en los financiables, durante el periodo de aplicación del nuevo Fondo Europeo de la Pesca 2007-2013.
El Programa operativo, consensuado con las Comunidades Autónomas, es el documento de programación del Fondo Europeo de Pesca que muestra de manera más exhaustiva el modo de aplicación de las disposiciones del FEP en España. Este documento es coherente con el Plan Estratégico Nacional y con la Evaluación previa y establece las líneas de actuación necesarias para garantizar las sostenibilidad económica, social y medioambiental del sector pesquero y acuícola español en el período de programación 2007-2013. El Programa operativo se estructura en torno a los 5 ejes prioritarios que estipula el Reglamento (CE) Nº 1198/2006 y contempla todas las actuaciones objeto de ayudas que podrán cofinanciarse mediante el FEP así como los planes financieros para este periodo; El proceso de Evaluación Ambiental Estratégica del Programa operativo, según estipula el artículo 12 de la Ley 9/2006, ha concluido con la redacción conjunta de la Memoria Ambiental por parte de las extintas Secretaría General del Mar y Secretaría de Estado de Cambio Climático.