La normativa sobre protección de los animales en el momento de su matanza establece que los vaciados sanitarios deben realizarse de acuerdo con los requisitos de protección animal establecidos para toda la Unión Europea. Por ello, desde el 1 de enero de 2013 debe cumplirse lo establecido en el artículo 18 del Reglamento (CE) nº 1099/2009, de 24 de septiembre, relativo a la protección de los animales en el momento de su matanza. Para ello se ha elaborado un manual para armonizar el cumplimiento de la normativa en toda España.
La matanza en situación de vaciado sanitario que se realiza en las explotaciones en caso de epizootias (entendidas como una enfermedad contagiosa que ataca a un número elevado e inusual de animales al mismo tiempo y se propaga con rapidez, correspondiente en a lo que se denomina epidemia en medicina humana), se realiza bajo la supervisión directa de los servicios veterinarios oficiales (SVO) y los resultados se reportan cada año al MAPA.
La Autoridad Competente debe elaborar un informe sobre las operaciones de vaciado sanitario realizadas el año anterior y hacerlo público. Aquí puede encontrar el informe elaborado en los últimos años.