El diagnóstico del serogrupo es el primer paso a realizar. La RT-PCR en tiempo real y el ELISA son dos de las técnicas descritas en el Manual Terrestre de la OMSA, y son las mínimas empleadas por el Laboratorio de Referencia de la OMSA para la enfermedad (ANSES, Francia). No hay Laboratorio de Referencia de la UE nombrado para esta enfermedad.
El segundo reto en el diagnóstico es la identificación del serotipo entre los diferentes serotipos del VEHE, para determinar cuál es el serotipo implicado en los brotes. Para ello, se pueden emplear RT-PCR en tiempo real específica y/o seroneutralización.
Finalmente, se puede realizar una caracterización adicional, basada principalmente en la secuencia del genoma, para determinar la cepa específica.