Las estructuras vegetales de conservación y otras superficies de retención de nutrientes también tienen entre sus objetivos la conservación y mejora de la biodiversidad y el paisaje. Renaturalizan el paisaje agrario, además de los lograr los fines ya comentados de retención y regulación de aguas, y/o control de escorrentías y absorción de nutrientes, para la reducción de la contaminación difusa y protección del suelo frente a la erosión.
Junto con las estructuras vegetales, los proyectos pueden incorporar medidas que mejoren la habitabilidad para fauna beneficiosa como el incremento de lugares de nidificación y refugio para diversos grupos de animales como aves insectívoras, murciélagos e insectos beneficiosos para la polinización o el control de plagas, así como la creación de charcas y bebederos temporales o permanentes donde puedan criar especies de anfibios, se establezcan pequeñas comunidades de aves acuáticas y sirvan de fuente de agua para vertebrados terrestres.
Complementando a las medidas anteriores, en los proyectos de modernización de regadíos se han de integrar de forma prioritaria las medidas de mitigación de daños a la fauna silvestre en las balsas de riego e infraestructuras asociadas para evitar el ahogamiento de animales. Estas medidas, por un lado, han de impedir la entrada de animales a las balsas e infraestructuras asociadas, así como, en caso de caída, facilitar su salida.