La defensa de la Naturaleza, la protección del medio ambiente y la vigilancia de la utilización racional de los recursos naturales, son funciones de los poderes públicos y para su ejercicio han de establecerse los mecanismos de cooperación y colaboración necesarios para su eficaz constitución.
Por ello el 21 de octubre de 1997 se firmó un Protocolo entre el Ministerio de Medio Ambiente (actualmente Ministerio de Agricultura y Pesca, Alimentación y Medio Ambiente), y el Ministerio del Interior para establecer la colaboración de distintas unidades del Departamento con el Servicio de Protección de la Naturaleza de la Guardia Civil (SEPRONA).
El punto tercero de dicho protocolo dedicado a “Apoyos y asistencia mutua” establece que este Ministerio prestará a la Dirección General de la Guardia Civil la asistencia y apoyos necesarios para el cumplimiento del objeto de la colaboración con los recursos económicos y materiales que, para tal fin, dispongan las distintas unidades del Departamento en sus respectivos presupuestos. Por su parte, el Ministerio del Interior a través de la Dirección General de Guardia Civil, dentro de sus disponibilidades presupuestarias, asignará los recursos humanos suficientes para el cumplimiento de lo ordenado en el protocolo.
El Ministerio contribuye normalmente con dotación de materiales y equipos y el desarrollo de cursos y seminarios para el adiestramiento y perfeccionamiento técnico de los miembros de la Guardia Civil. El SEPRONA utiliza estos materiales y equipos en su ejercicio del régimen de policía en materia de medio ambiente. Este procedimiento de cooperación con el SEPRONA no solamente es utilizado por el Ministerio sino que también es practicado por algunas administraciones medioambientales autonómicas.
A efectos de regular el desarrollo del protocolo existe constituida una Comisión Mixta de Coordinación y Seguimiento. Al principio de cada año, en reunión de la Comisión Mixta, la Dirección General de la Guardia Civil realiza la solicitud de material y cursos a satisfacer.