En el Real Decreto 1749/1998, de 31 de julio por el que se establecen las medidas de control aplicable a determinadas sustancias y sus residuos en los animales vivos y sus productos, se dispone la creación de la Comisión Nacional siendo los principales Organismos involucrados el Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación (MAPA), el Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social (MSCBS) y las Comunidades Autónomas.

La Comisión Nacional consta de una Presidencia de la Comisión Nacional, perteneciente al MSCBS y en concreto a la Agencia Española de Seguridad Alimentaria y Nutrición (AESAN), y de una Secretaría perteneciente al MAPA, en concreto a la Subdirección General de Sanidad e Higiene Animal y Trazabilidad.

A través de esta página las Comunidades Autónomas pueden elaborar los informes semestrales para su envío a la Secretaría de la Comisión Nacional, a partir de los datos previamente registrados.

Del mismo modo se facilita la recopilación de datos a la Secretaría de la Comisión Nacional, para la elaboración del informe que ha de enviar anualmente a la Comisión Europea.