Esta etapa transcurre por la sierra de Aralar, un sistema montañoso de naturaleza kárstica, marcado por su proximidad biogeográfica al Pirineo, que constituye el límite geográfico entre la vertiente Cantábrica y la Mediterránea. Es zona de importantes hayedos aunque también ofrece muestras interesantes de robledales y quejigares, así como paisajes pastoriles, roquedos y rasas, testigos de numerosas generaciones de pastores que han sabido vivir de estas sierras, en perfecta armonía y legando un paisaje de notable riqueza y gran belleza escénica.
La etapa comienza en Uharte-Arakil, desde la iglesia de San Juan Evangelista por la calle Ibaiko, hacia el Norte. Tras pasar la última casa del pueblo se cruza por un puente el río Araquil, y se continúa por la carretera NA-2410 hacia la derecha, durante unos 500 m. Al llegar a las proximidades de la ermita de Santa María de Zamarce, se tomará un desvío a la izquierda que lleva hacia el santuario de San Miguel de Aralar. Tras recorrer unos 600 m por esta carretera, se deberá abandonar, tomando un sendero pedregoso e irregular que sale a la izquierda. La Senda asciende zigzagueando por una ladera arbolada de notable pendiente, a lo largo de unos 4,5 km de recorrido y 700 m de desnivel; se llega al monte San Miguel (1.296 m), donde se asienta el santuario, en lo alto de la sierra de Aralar. Durante la ascensión se pueden contemplar, cerca del sendero, restos megalíticos como el dolmen de Artzabal y el dolmen de Otsopasaje, así como formaciones boscosas mixtas de gran belleza, en las que se entremezclan quejigos (Quercus faginea) y encinas (Quercus ilex) con pequeños bosquetes de hayas (Fagus sylvatica) y un variado estrato arbustivo de arces (Acer sp.), majuelos (Crataegus monogyna), brezos (Erica sp.), euforbias (Euphorbia sp.), espinos, eléboros, etc., que amenizan la dura ascensión.
A la llegada al monte de San Miguel, junto al santuario, se podrá disfrutar de magníficas vistas hacia el corredor del Arakil y la sierra de Andía y San Donato. También se podrá contemplar el propio santuario, conjunto románico que, según apuntan las investigaciones, se reconstruyó en el siglo XII a partir de un templo del siglo IX destruido casi en su totalidad en un avance musulmán y del que se habrían aprovechado algunos restos de muro original.
Desde el santuario se continúa hacia el Norte siguiendo una alineación de fresnos (Fraxinus sp.), hasta cruzar con la carretera NA-7510, por la que habrá que descender —hacia la izquierda— durante 3,5 km. Se atraviesa durante esta parte de la etapa una extensa masa de hayedo hasta la casa forestal de San Miguel de Aralar; esta especie constituye la principal formación forestal de la sierra de Aralar.
En la casa forestal se debe tomar una pista de grava que sale hacia el Oeste, por el camino de Igaratza; un ascenso de unos 4,5 km y 250 m de desnivel, entre masas de hayas hasta un último tramo por una zona desarbolada, con pastos y afloramientos calizos, hasta llegar a un cruce donde la ruta abandona la pista por un sendero hacia la izquierda.
Desde este cruce restan poco más de diez kilómetros de la etapa, todos de bajada. A los pocos metros de tomar el desvío, la senda entra en terrenos comunales de la Comunidad de la sierra de Aralar, en la zona de la sierra perteneciente a la comarca de Goierri (Gipuzkoa), zona declarada Parque Natural; a continuación se adentra en territorio del municipio guipuzcoano de Ataún.
Abandonando este sendero, el camino natural prosigue por un camino pedregoso que discurre por la cabecera del barranco del arroyo Zamiola —afluente del Maizegi—, , donde se encuentran la ermita de Igaratza y el refugio de Igaratza, rodeados de fresnos. La ermita fue construida en 1946 por la Sociedad de Amigos de Aralar, para que los montañeros y pastores pudieran asistir a la misa dominical. Desde entonces, todos los 15 de agosto, cumpliendo la tradición, se lleva en peregrinación al Arcángel San Miguel, desde el santuario de San Miguel hasta la ermita de Igaratza, a saludar a la Cruz de Igaratza, acompañado por centenares de montañeros.
Siguiendo el sendero, dejando atrás Igaratza, se conecta de nuevo con la pista que se abandonó recientemente. Por esta pista se desciende por las rasas de Olamuno y el Txalburu y las faldas del “Karst de la sierra de Aralar”, que se deja en lo alto —a la derecha—. Se transita en paralelo al río Maizegi o Zamiola, que discurre por el fondo del valle, a la izquierda, con las faldas boscosas de la sierra de Akaitz por detrás.
La pista conduce hasta el barrio de chabolas de Doniturrieta Goika, asentadas en una pequeña depresión del terreno y rodeadas de árboles, a refugio de los rigores climatológicos de la sierra. Entre las chabolas arranca un sendero que discurre por la ladera, siguiendo una alineación de espinos, y, más adelante, por una zona de matorral durante 2,5 km hasta llegar a una chabola, en el barranco de Enirio.
En esta zona se localizan dos elementos de interés geológico. Un circo glaciar degradado y el domo de Ataún. Se trata de una estructura geológica singular, formada por la acción conjunta de las fuerzas derivadas de la orogenia pirenaica y determinadas fuerzas locales, lo que provocó la elevación de la superficie, formando un monte con forma de cúpula. Como resultado de la erosión diferencial de los distintos tipos de roca que la forman, la cúpula ha dado lugar a su forma de anillo actual.
La Senda prosigue por un sendero descendente, el camino de Enirio, siguiendo un pequeño arroyo que se abre paso por el barranco de Baiarrate, entre los montes de Akaitz Txiki y Arrate Beltza (o sierra de Sarrastari).
Más adelante conecta con una pista que se ha de seguir hacia la derecha durante 400 m hasta el primer desvío que se encuentra a la izquierda; se toma una pista que bordea el embalse de Lareo, atravesando una pasarela de madera. A orillas del embalse se puede encontrar, cerca de la Senda, el dolmen de Lareo. La masa de agua configura un paisaje de gran belleza junto con los hayedos circundantes. Nada más pasar sobre el dique se deberá tomar un desvío a la izquierda, por una pista que desciende aguas abajo del embalse. Continúa el Camino por un sendero que rápidamente corta con el arroyo Agauntza; el arroyo se abre paso por un valle encajado entre los montes de Alleko (a la izquierda) y Malkorburu (a la derecha), formando pequeñas cascadas de gran belleza.
La ruta sigue un estrecho sendero que serpentea por las agrestes laderas del monte Alleko, en el interior del valle de Agauntza o de Maizegi, a lo largo de 1,5 km y atravesando una imponente masa de robledal y hayedo hasta Lizarrusti. En este tramo existen algunos pasos estrechos en zonas de gran pendiente que requieren extremar la concentración en el camino; a tal efecto se han instalado algunas cuerdas que dan mayor seguridad al senderista. Se debe cruzar por un túnel excavado en roca —túnel de Akerreta— y después se encontrará la fuente del mismo nombre.
Salvado este último tramo agreste se llega al puerto de Lizarrusti, final de la etapa. En este punto, situado a 635 m de altitud en el límite entre Gipuzkoa y Navarra, se encuentra el centro de interpretación del Parque Natural de Aralar, que cuenta con albergue y restaurante, donde recuperar fuerzas para la siguiente jornada.
Se trata de una etapa con numerosos impedimentos para el manejo de la bicicleta. El primero es la ascensión al santuario de San Miguel de Aralar, si bien puede salvarse ascendiendo por la carretera. El segundo obstáculo para la bicicleta es el tramo que accede a la ermita de Igaratza, aunque también puede salvarse por la pista que lo bordea. Finalmente, el tránsito en bicicleta resulta muy difícil, cuando no imposible, debido al firme, desde el barrio de chabolas de Doniturrieta Goika hasta el final de la etapa; particularmente en el último tramo, por el desfiladero del río Agauntza, por donde sería una temeridad circular en bicicleta —ni siquiera resulta fácil llevarla a pie.
El macizo de Aralar cuenta con valores naturales que le hacen merecedor de las figuras de protección de Parque Natural y Zona de Especial Conservación, con continuidad en las provincias de Navarra y Gipuzkoa. Se trata de una de las áreas montañosas más importantes del entorno en cuanto a altitud, extensión (10.971,05 ha), usos del suelo, valores naturales e importancia paisajística. Se encuentra situado al sudeste de Gipuzkoa, limitando con el sector navarro de la misma sierra. En Aralar se dan dos usos productivos del suelo, el ganadero y el aprovechamiento forestal —plantaciones de coníferas—. Es un territorio de gran tradición pastoril, con una importante cabaña de oveja lacha y numerosas bordas repartidas por la sierra.
La zona central y oriental del macizo, la más elevada, está dominada por pastos utilizados de manera extensiva por una importante cabaña de oveja lacha, siendo prácticamente inexistentes los bosques. En la zona meridional se encuentran importantes masas forestales de hayedo, robledal-quejigal y encinar cantábrico. Junto a los cursos de agua y en las zonas con humedad permanente domina la aliseda cantábrica. Existen además siete especies endémicas que únicamente se conocen en Aralar.
El conjunto faunístico de Aralar es de gran riqueza por representar un eje de conexión entre las montañas cantábricas y pirenaicas y una zona de dispersión para las especies de estas zonas. Es el caso del quebrantahuesos (Gypaetus barbatus), sin presencia regular en la zona pero que, tras haber desaparecido como nidificante en el s. XX, es frecuente la observación de ejemplares procedentes del Pirineo, sobre todo en invierno.
Esta etapa permite disfrutar de uno de los entornos naturales más impresionantes del Norte peninsular, y a la vez asombrarse con los vestigios de la ocupación humana en la antigüedad.
Aralar fue ocupado por los primeros pastores y agricultores, existiendo numerosos restos megalíticos en su entorno. Destaca la existencia de diversas cuevas, con restos de herramientas en su interior, que datan la presencia humana hace 27.000 años. Son especialmente atractivos los abundantes dólmenes; los amantes de los vestigios prehistóricos disfrutarán del inicio del trayecto, ya que en el sendero del santuario de San Miguel se pueden contemplar algunos de ellos. Si el senderista tiene interés en conocer más, puede hacer una pausa en su camino y animarse a cambiar momentáneamente la Senda del Pastoreo por el Sendero de los Dólmenes, ruta circular de 15 km de longitud en cuyo recorrido podrá observar diez dólmenes: Beitzeta, Iruiturrieta, Jentiltzulo, Benintxar, Irumugarrieta, Zalatamuno, Mintegitxuta, Txaradigorri, Fagamendi y Maitzegur. La sierra alberga un total de 44 dólmenes y un menhir.